成化十一年（1475年）朱见深又拥立皇子朱祐樘为皇太子。英明宽仁的朱见深，在年底的时候，不仅恢复了明代宗朱祁钰的帝号，还平反了于谦的冤屈，任用贤明的大臣商辂等人治国理政，可以说颇有一番君王的风度。时代风气清明，朝廷多名贤俊，朱见深能够宽免赋税、减省刑罚，使社会经济渐渐复苏。但是在位期间他曾经任用奸邪，不能说没有缺陷。
成化十三年（1477年）正月，为了加强特务机构，朱见深设置了西厂，由太监汪直担任提督。四月，汪直将郎中武清、乐章，太医院的院判蒋宗武、张廷纲，浙江布政使刘福等人下了西厂大狱。同年五月，方贤又下了西厂狱。大学士商辂、尚书项忠等人纷纷上书朱见深，请求速废西厂，朱见深采纳了他们的建议。六月，朱见深又罢免了项忠为民，又复设西厂。不久后，商辂也辞官了。
成化十八年（1482年）正月，朱见深眼见身边的重臣都离他而去，于是下旨废置西厂，希望可以挽回身边的重臣。
镇抚广西，重用良臣
朱见深登基之初，不仅为于谦平反，还恢复了于谦之子的官职，并且以德报怨，把曾经废掉自己太子之位的叔叔朱祁钰追认为皇帝，并且为他重修陵寝。一时之间，博得了朝野上下的一片称颂。此外，朱见深在镇抚广西期间，还重用李贤、王翱等贤能大臣。