塞尔柱突厥人的到来，使阿拉伯帝国一度出现中兴局面。当时，虽然帝国名义上的统治者还是哈里发，但是实权已经旁落到了塞尔柱突厥的“苏丹”手中。塞尔柱当权者十分尊重阿拉伯帝国的传统，基本承袭了帝国以往的各种封建典章制度。帝国又暂时恢复了统一局面。
但是，各种社会矛盾仍然存在，人民反抗继续发展，各种教派纷争愈发残酷。11世纪末，什叶派主要派别亦思马因派（即七伊玛目派）中出现了一个极端恐怖的阿萨辛派，它以波斯西部的阿拉穆特山区为根据地，在神秘的山中老人（山地谢赫）霍山（哈桑·本·萨巴赫）统率下专门从事暗杀哈里发、苏丹及达官贵人的活动。
此外，军事封土制再次显示出对统一政权的侵蚀作用。11、12世纪之交，阿拉伯帝国又被那些手握重兵、拥有大片地产和税收大权的封疆大吏分裂成10余个封建小邦。
紊乱的政局，为西欧封建主和基督教会向东方扩张提供了有利的契机。11世纪开始的十字军东征多次侵蚀阿拉伯帝国的疆域，圣城耶路撒冷多次被占领。12世纪末年，中亚新兴的花剌子模王朝取代塞尔柱人，控制了哈里发，但诸邦分立的局面，未有大的改观。13世纪初，蒙古帝国开始兴起，第一次蒙古西征就消灭了花剌子模。13世纪中叶，蒙古铁骑冲入西亚大地。1252年，成吉思汗之孙旭烈兀奉其兄蒙哥汗之命西征。他率领蒙古军队横扫波斯、美索不达米亚和叙利亚，并于1258年攻陷帝国首都巴格达，1260年攻占叙利亚首府大马士革。据说，除少数技艺高超的工匠外，巴格达全城居民都被屠杀，被屠杀人数约为9万人（《多桑蒙古史》中记载为80万人）。为了不让皇族的鲜血玷污战刀，哈里发裹在地毯里被战马踩死。阿拉伯帝国终于灭亡。